Matej Maglica è un difensore del Darmstadt 98 che ha giocato nella maggior parte delle partite del club in 2. Bundesliga nel 2024/2025, avendo collezionato 18 presenze, per un totale di 377 minuti. É partito titolare in 3 presenze su 34 giornate ed è stato utilizzato spesso come subentrato, in 15 occasioni.
Il difensore ha giocato la sua ultima gara l'11 maggio, con il Darmstadt: una sconfitta per 2-1 contro Kaiserslautern, in cui ha giocato 90 minuti. Ha ricevuto 5 cartellini gialli.
Nell'ultima stagione con il Darmstadt in Bundesliga Maglica ha collezionato 26 presenze, realizzando 1 gol.
A luglio 2023 il Darmstadt ha acquisito in prestito Maglica, al tempo giocatore del St.Gallen, squadra per cui ha collezionato in totale 31 presenze in campionato, realizzando uno gol. Ha siglato il suo trasferimento definitivo come giocatore del Darmstadt 98 a luglio 2024.
Il 25 agosto 2024 Maglica ha debuttato in 2. Bundesliga, all'età di 25 anni e 334 giorni contro il Norimberga. Finora in 2. Bundesliga, ha giocato 18 partite, senza gol e senza assist.