Il centrocampista del Paderborn Filip Bilbija ha giocato la maggior parte delle partite della sua squadra in 2. Bundesliga nel 2024/2025, avendo collezionato 33 presenze, per un totale di 2587 minuti. É stato scelto nell'11 iniziale in 32 di queste presenze, su 34 giornate, ed è entrato a gara in corso 1 volta.
Bilbija ha collezionato la sua ultima presenza il 18 maggio, con il Paderborn: una sconfitta per 3-0 contro il Karlsruher, in cui ha giocato 71 minuti. Il centrocampista ha realizzato 9 gol in questo campionato, mentre si posiziona al 10° posto, sempre a pari merito, per assist in 2. Bundesliga in questo campionato, avendo fornito 7 passaggi vincenti. Ha ricevuto 4 cartellini gialli.
É stato contro Elversberg il 26 aprile che Bilbija ha segnato il suo ultimo gol, nel pareggio 1-1. Ha aperto le sue marcature in questo campionato contro l'Hertha BSC il 3 agosto, avendo realizzato una rete nella vittoria per 2-1.
Nell'ultima stagione con il Paderborn in 2. Bundesliga Bilbija ha collezionato 27 presenze, gare in cui ha realizzato 5 gol e fornito 5 assist.
Il centrocampista ha iniziato la sua esperienza con il Paderborn nel luglio 2023, mentre prima giocava con Hamburger SV II, con cui ha collezionato 1 presenzan in campionato, con 1 gol segnato.
Il 24 luglio 2021 Bilbija ha debuttato in 2. Bundesliga con Ingolstadt, a 21 anni e 91 giorni, contro Dynamo Dresden. La prima presenza con la sua attuale squadra, il Paderborn, in 2. Bundesliga è stata nella gara contro il Greuther Fürth il 30 luglio 2023.
In totale, nella sua carriera in 2. Bundesliga, ha giocato 101 partite con 22 gol e 13 assist per i compagni.