Carlo Boukhalfa del St. Pauli è sceso in campo nella maggior parte delle partite della sua squadra in Bundesliga nel 2024/2025, avendo collezionato 25 presenze, per un totale di 1654 minuti. É partito titolare in 19 presenze su 34 giornate ed è subentrato 6 volte.
L'ultima partita di Boukhalfa in Bundesliga risale al 17 maggio, partita in cui ha giocato 90 minuti con la maglia del St. Pauli contro il Bochum, nella sconfitta per 2-0. In totale il centrocampista ha segnato 2 gol in questa stagione.
Boukhalfa ha segnato l'ultima volta in campionato nel pareggio 1-1 contro il Bayer Leverkusen, il 20 aprile. Ha aperto le sue marcature in questo campionato contro l'Augsburg il 15 settembre, con una rete nella sconfitta per 3-1.
Nella passata stagione di 2. Bundesliga Boukhalfa ha giocato 17 partite con il St. Pauli, realizzando 1 gol.
Prima di arrivare a vestire la maglia del St. Pauli nel luglio 2022, Boukhalfa ha collezionato 1 presenzan in campionato con St. Pauli II.
Il 25 agosto 2024 Boukhalfa ha debuttato in Bundesliga, a 25 anni e 114 giorni contro l'Heidenheim. In totale, nella sua carriera in Bundesliga, ha giocato 25 partite, con 2 gol.