Stefan Lončar è un centrocampista Istra 1961 che è sceso in campo nella maggior parte delle gare del club in 1. HNL nel 2020/2021, avendo collezionato 25 presenze, per un totale di 1120 minuti. É partito titolare in 12 presenze su 36 giornate ed è stato utilizzato come subentrato in 13 occasioni.
Lončar ha collezionato la sua ultima presenza il 22 maggio, con Istra 1961: una sconfitta per 2-1 contro Osijek, in cui ha giocato 32 minuti.
Nella passata stagione di 1. HNL Lončar ha giocato 32 partite con Istra 1961, realizzando 1 gol.
Prima di arrivare a vestire la maglia Istra 1961 nel gennaio 2019, il centrocampista ha collezionato 103 presenze in campionato con Sutjeska, per un totale di 10 gol.