Santiago Núñez del Estudiantes è sceso in campo nella maggior parte delle partite della sua squadra in Liga Profesional Argentina nel 2025, avendo collezionato 24 presenze, per un totale di 1980 minuti. É stato scelto nell'11 iniziale in 21 di queste presenze, su 31 giornate, ed è entrato a gara in corso 3 volte.
Núñez ha giocato la sua ultima gara il 2 novembre, con l'Estudiantes: una sconfitta per 2-1 contro il Boca Juniors, in cui ha giocato 90 minuti. In totale il difensore ha segnato 1 rete in questa stagione. Ha ricevuto 11 cartellini gialli, oltre a essere stato espulso 1 volta.
Il suo primo gol nel campionato è arrivato in una sconfitta 2-1 contro il River Plate il 13 settembre.
La trasferta contro Tigre, il 9 novembre, sarà la prossima sfida di Liga Profesional Argentina per l'Estudiantes.
Nell'ultima stagione con il Club Santos Laguna in Liga MX Núñez ha collezionato 10 presenze.
Prima di arrivare a vestire la maglia del Estudiantes nel gennaio 2025, il difensore ha collezionato 24 presenze in campionato con il Club Santos Laguna.