Ruben Müller del Paderborn è sceso in campo nella maggior parte delle gare del club in 2. Bundesliga nel 2025/2026, avendo collezionato 22 presenze, per un totale di 1055 minuti. É stato scelto nell'11 iniziale in 13 presenze su 34 giornate ed è subentrato 9 volte.
Il centrocampista ha collezionato la sua ultima presenza il 17 maggio, con il Paderborn: una vittoria per 2-0 contro il Darmstadt, in cui ha giocato 63 minuti. In questo campionato il centrocampista ha registrato 2 assist.
Nella passata stagione di Regionalliga Müller ha giocato 32 partite con Freiburg II, gare in cui ha realizzato 3 gol.
Il centrocampista è passato a giocare con il Paderborn nel luglio 2025, mentre prima giocava con Freiburg II, con cui ha collezionato 32 presenze in campionato, con 3 gol segnati.
Il 12 settembre 2025 Müller ha debuttato in 2. Bundesliga, all'età di 20 anni e 19 giorni contro il Bochum. Finora in 2. Bundesliga, ha collezionato 22 partite, con 2 assist.