Rafael Fernández è un difensore del Tijuana che ha giocato la maggior parte delle partite del suo club in Liga MX nel 2025/2026, avendo collezionato 23 presenze, per un totale di 2026 minuti. É partito titolare in tutte le 23 presenze, su 26 giornate.
Il difensore ha giocato la sua ultima partita il 13 febbraio, con il Tijuana: una sconfitta per 1-0 contro il Deportivo Toluca, in cui ha giocato 90 minuti. In totale il difensore ha realizzato 1 gol in questa stagione; ha inoltre fornito 2 assist. Ha ricevuto 6 cartellini gialli.
Il suo primo gol nel campionato è arrivato in una vittoria 5-0 contro il León il 19 settembre.
Nella prossima partita di Liga MX, il 21 febbraio, il Tijuana dovrà giocare una gara casalinga contro il Mazatlán.
Nella passata stagione di Liga MX Fernández è sceso in campo in 29 partite con il Tijuana.
Fernández è passato a giocare con il Tijuana nel giugno 2023, mentre prima giocava con il Querétaro FC, con cui ha collezionato 18 presenze in campionato, con 1 gol segnato.