Marco Varnier del Juve Stabia è sceso in campo nella maggior parte delle partite della sua squadra in Serie B nel 2024/2025, avendo collezionato 27 presenze, per un totale di 2001 minuti. É partito titolare in 23 presenze su 41 giornate ed è entrato 4 volte.
L'ultima partita di Varnier in campionato è stata il 25 maggio, partita in cui ha giocato 90 minuti con la maglia del Juve Stabia contro la Cremonese, nella sconfitta per 3-0. In totale il difensore ha realizzato 1 gol nel 2024/2025. Ha ricevuto 1 cartellino rosso.
Il suo primo gol nel campionato è arrivato in una vittoria 2-0 contro il Pisa il 29 settembre.
Nell'ultima stagione con Atalanta II in Serie C Varnier ha collezionato 21 presenze.
Varnier è passato a giocare con Juve Stabia nel luglio 2024, mentre prima giocava con Atalanta II, con cui ha collezionato 21 presenze in campionato.