Magnus Knudsen è un centrocampista del Holstein Kiel che ha giocato la maggior parte delle gare della sua squadra in Bundesliga nel 2024/2025, avendo collezionato 31 presenze, per un totale di 1853 minuti. É partito titolare in 22 di queste presenze, su 34 giornate, ed è entrato a gara in corso 9 volte.
La sua ultima apparizione in campionato risale al 17 maggio, partita in cui ha giocato 45 minuti con la maglia del Holstein Kiel contro il Borussia Dortmund, nella sconfitta per 3-0. In questa stagione il centrocampista ha fornito 1 assist. Ha ricevuto 7 cartellini gialli.
Knudsen ha giocato 27 partite di Superliga nell'ultima stagione con l'AGF, gare in cui ha segnato 3 gol e fornito 1 assist.
Prima di cominciare l'esperienza con l'Holstein Kiel nel luglio 2024, Knudsen ha collezionato 1 presenzan in campionato con il Rostov.
Il 24 agosto 2024 Knudsen ha debuttato in Bundesliga, a 23 anni e 70 giorni contro l'Hoffenheim. In generale in Bundesliga, ha collezionato 31 partite, con 1 assist.