Jonathan Pérez del Nashville SC ha giocato nella maggior parte delle gare della sua squadra in MLS nel 2025, avendo collezionato 15 presenze, per un totale di 508 minuti. É partito titolare in 5 presenze su 22 giornate ed è stato utilizzato spesso come subentrato, in 10 occasioni.
L'ultima presenza di Pérez in campionato risale al 5 luglio, partita in cui ha giocato 63 minuti con la maglia del Nashville SC contro i Philadelphia Union, nella vittoria per 1-0. Sfortunatamente sia per Pérez che per il Nashville, ha ricevuto un cartellino rosso nel match. In totale il centrocampista ha realizzato 1 rete nel 2025; ha inoltre registrato 2 assist. Ha ricevuto 4 cartellini gialli, oltre a essere stato espulso 1 volta.
Ha aperto le sue marcature in questo campionato contro l'Impact de Montréal il 22 marzo, avendo segnato nella vittoria per 3-0.
La gara casalinga contro il Columbus Crew, il 16 luglio, sarà la prossima sfida di MLS per il Nashville.
Pérez ha giocato 3 partite di MLS Next Pro nell'ultima stagione con Huntsville City, realizzando 2 gol.
Il centrocampista è passato a giocare in prestito con il Nashville nell'agosto 2024. In precedenza giocava per Huntsville City, per cui ha collezionato 4 presenze in campionato, con 2 gol e 1 assist, dopo aver raggiunto il club nell'agosto 2024.