Jonathan Lopera è un difensore Deportivo Pereira che ha giocato la maggior parte delle partite della sua squadra in Primera A nel 2020, avendo collezionato 18 presenze, per un totale di 1278 minuti. É stato scelto nell'11 iniziale in 14 di queste presenze, su 24 giornate, ed è entrato a gara in corso 4 volte.
La sua ultima presenza nella competizione è stata il 23 dicembre, partita in cui ha giocato 90 minuti con la maglia Deportivo Pereira contro Millonarios, nella sconfitta per 1-0. In totale il difensore ha realizzato 1 rete nel 2020. Ha ricevuto 5 cartellini gialli, oltre a essere stato espulso 1 volta.
Ha aperto le sue marcature in questo campionato contro Águilas Doradas il 2 dicembre, avendo realizzato nel pareggio 2-2.
Nella passata stagione di Primera A Lopera ha giocato 24 partite con Águilas Doradas, fornendo 1 assist.
Prima di arrivare a vestire la maglia Deportivo Pereira nel dicembre 2019, il difensore ha collezionato 24 presenze in campionato con Águilas Doradas, per un totale di 1 assist.