Jonas Auer del Rapid ha collezionato 5 presenze, per un totale di 81 minuti. È stato scelto nell'11 iniziale in 1 di queste presenze su 32 giornate ed è stato frequentemente utilizzato come subentrato, in 4 occasioni.
Auer ha giocato la sua ultima partita il 22 aprile, con il Rapid Vienna: una sconfitta per 2-0 contro l'Hartberg, in cui ha giocato solo 9 minuti.
Nell'ultima stagione con il Rapid Vienna in Bundesliga Auer ha collezionato 25 presenze, realizzando 2 gol e fornendo 1 assist vincente.