Jonas Auer è un difensore del Rapid che ha collezionato 6 presenze, per un totale di 152 minuti. È partito titolare in 2 di queste presenze su 34 giornate ed è stato soprattutto utilizzato come subentrato, in 4 occasioni.
La sua ultima presenza nella competizione è stata il 22 maggio, partita in cui ha giocato 71 minuti con la maglia del Rapid contro il Ried, nella sconfitta per 2-1.
Auer ha giocato 25 partite di Bundesliga nell'ultima stagione con il Rapid Vienna, gare in cui ha realizzato 2 gol e fornito 1 passaggio vincente.