Joe Mendes del Basel ha giocato la maggior parte delle gare del suo club in Super League nel 2024/2025, avendo collezionato 29 presenze, per un totale di 2046 minuti. É stato scelto nell'11 iniziale in 22 di queste presenze, su 38 giornate, ed è entrato a gara in corso 7 volte.
La sua ultima presenza in Super League è stata il 18 maggio, gara in cui ha giocato solo 6 minuti con la maglia del Basel contro Young Boys, nella sconfitta per 6-2. In totale il difensore ha segnato 1 rete in questa stagione; ha inoltre registrato 1 assist. Ha ricevuto 7 cartellini gialli.
Ha aperto le sue marcature in questo campionato contro Sion il 26 gennaio, avendo segnato nella vittoria per 4-1.
Mendes ha giocato 17 partite di Primeira Liga nell'ultima stagione con lo Sporting Braga, fornendo 2 passaggi vincenti.
Il difensore è passato a giocare in prestito con Basel nel settembre 2024. In precedenza giocava per lo Sporting Braga, per cui ha collezionato 25 presenze in campionato, con 1 gol e 2 assist, dopo aver raggiunto il club nel gennaio 2023, mentre prima giocava per AIK.