Javi Hernández del Leganés ha giocato la maggior parte delle gare del suo club in LaLiga nel 2024/2025, avendo collezionato 31 presenze, per un totale di 2391 minuti. É partito titolare in 27 di queste presenze, su 38 giornate, ed è entrato a gara in corso 4 volte.
La sua ultima partita in campionato è stata il 24 maggio, partita in cui ha giocato 90 minuti con la maglia del Leganés contro il Real Valladolid, nella vittoria per 3-0. In totale il difensore ha realizzato 2 gol in questa stagione; ha inoltre fornito 1 assist. Ha ricevuto 6 cartellini gialli.
Il primo gol di Hernández in questo campionato è arrivato contro il Siviglia nel pareggio 2-2 il 4 maggio.
Hernández ha giocato 30 partite di LaLiga nell'ultima stagione con il Cadice, realizzando 1 gol e fornendo 2 assist.
Il difensore è tornato a giocare per il Leganés nel luglio 2024 dopo un'esperienza in prestito con il Cadice, con cui ha collezionato 30 presenze in campionato, con 1 gol segnato e 2 assist.
Il 22 agosto 2022 Hernández ha fatto il suo esordio in LaLiga con il Girona, all'età di 24 anni e 112 giorni, contro il Getafe. La prima presenza con il suo club attuale, il Leganés, in LaLiga è stata nella partita contro l'Osasuna il 17 agosto 2024.
In totale, nella sua carriera in LaLiga, ha giocato 86 partite con 4 reti realizzate e 5 assist per i compagni.